在《丝瓜草莓香蕉榴莲向日葵》中，玩家必须在严格的资源限制下进行游戏。无论是血量、弹药还是技能数量，每一项资源都经过精确的管理和控制。
干员的初始血量为100，无法回复，但通过地图中的医疗援助和部分干员的回血技能，玩家可以获得护盾，最大血量可达200。护盾无法带出任务，且会随着时间逐渐减少，因此明智的选择是在血量过低时撤离任务。
剩余血量将影响干员下次任务的可用性，低于50的干员无法直接上场，需在基地中恢复。处于“MIA”状态的干员也无法选择。玩家需谨慎规划所有资源，决定是否“莽上去”成为了队伍内讨论的热门话题。
若干员处于“MIA”状态，下次前往失败地图时将触发“营救失踪干员”任务，玩家需在地图中特殊地点找到被困干员并救出。在这类任务中，古菌数量减少，属于相对简单的任务。若营救失败，被困干员将损失30%的经验值。
本作中玩家没有明确的攻守概念。干员的特色技能被重新设计，原本的防守方干员也被赋予了进攻属性。在实战中，干员们的气势更加强大，技能升级明显，掉落伤害减少，表现出更为成熟的训练成果。
游戏操作也更加流畅，摔落高度不再造成过多伤害，开洞也更加容易，为玩家提供了更加丰富的战术选择。
